José Paulo Baptista Fontes tinha 32 anos quando, no início de 1990, passou a secretário regional do Governo de Alberto João Jardim, tendo ficado responsável pela pasta das Finanças. Vinha da Direcção Regional das Finanças e antes tinha sido vereador na Câmara Municipal do Funchal.
Ficaria no Governo até 2000, primeiro, como referido, nas Finanças e, a partir de 1996, no Plano e Coordenação. Foram anos de grande investimento público, com os fundos comunitários a assumirem um peso crescente, mas também de muitas discussões com a República sobre o financiamento da Autonomia.
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